不同方法实现ggplot2圆角barplot

本地的R脚本，远程执行

今天看到金唯智公众号的推文《三文读懂PCA和PCoA》（《一》,《二》,《三》)。作者以平民化的语言，剔除数学术语，介绍了二者的区别，是很好的尝试，但是文中提出的很多关键性总结，都存在着明显的漏洞。

# 写在前面 本文的大部分内容都来自我们之前的一篇综述文章Li et al, 2016。

微生物组测序与成分数据

微生物组测序数据的获得其实有很多抽样过程（Sampling process）存在，比如说，粪便微生物组其实是对肠道微生物的一次抽样，测序的过程也是对所有DNA分子的一次抽样。最后，我们得到的OTU表中的OTU read count与测序深度相关，很显然测序深度是一个技术上的干扰因子（confounder），所以我们要对OTU表进行标准化（Normalization）。最简单的标准化方法，就是用read count除以样本内所有OTU的read count之和，获得每个OTU的相对丰度（relative abundance）。这种只有相对丰度的数据（相加总数为常数1或100）被称为成分数据（Compositional data）。 你可能注意到，作为成分数据一种的微生物组的数据中缺乏一个重要的信息–微生物总量（total abundance）。

看到Y叔为ggord做的添加置信椭圆的geom_ord_ellipse.R（用法见上一篇文章），决定学习一点ggplot图形的语言，对于初学者最好的方法就是照葫芦画瓢，而Y叔的代码自然是最好的模板。我对Y叔的代码进行了逐行的分析，希望以后有需要可以套用。

Relative scaling for GLV models

简介

有人问我，这个curatedMetagenomicData有什么作用？对于我们这些research parasite(出处请见NEJM社论)来说，这样庞大的数据集当然是用来挖信息或者是测试算法了： 1. 作为validation cohort来验证已发现的结论。如我们的这篇文章都使用了2014年Oh et al发表于Nature的数据来佐证我们发现的Staphylococcus特异性突变。 2. 用来测试新方法，发现新的生物问题。如这篇文章中我们也用了Oh et al的数据来观测Malessezia在人体皮肤的分布。 3. 因为数据中有大量健康人的微生物组（不同研究中的control），我们也可以用它们补充我们的对照组（当然在机器学习中要注意数据不平衡问题）。 当然最基础的操作，就是要从数据库中提取数据。

再次尝试桑基图

简介

CuratedMetagenomicData(https://waldronlab.github.io/curatedMetagenomicData/)的目标是用标准化的流程（MetaPhlan2、HUMAnN2）分析已发表的宏基因组数据并建立一个统一的数据集合。目前已经收录6000余个样本并在持续扩建当中。样本涵盖糖尿病、肥胖症、IBD等多种疾病，涉及皮肤、口腔、粪便等多处样本。

桑基图（Sankey diagram）是用于表示能量或信息流动的一种可视化方式，应用于微生物组数据，可以清晰展示各个taxonomy level之间物种相对丰度的流动。从Domain到Species，相邻两级之间分支的总宽度保持不变（能量守恒），如下图