这是一个神奇的路径
我们在服务器上用conda创建了一个叫metagenomics的环境，希望将常用分析软件安装在该环境。其中一些软件需要使用新版本的gcc编译（如：kraken2）。安装的准备套路应该如下：
export PATH=/opt/gcc-4.9.3/bin/:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/gcc-4.9.3/lib64/:$LD_LIBRARY_PATH那么如果我希望以上环境变量仅对我特定的Conda环境起效（metagenomics）应该怎么办呢？我们需要像.bashrc (.bash_profile)和.bash_logout这样在环境activate和deactivate时自动执行的脚本。在Conda中，我们需要如下目录：
ANACONDA_PATH/envs/ENV_PATH/etc/conda/
├── activate.d
│ └── env_vars.sh ## <- sourced when you do `conda activate`
└── deactivate.d
└── env_vars.sh ## <- sourced when you do `conda deactivate`剩下的就是shell脚本的编写了，在下面的例子中，我们创建了一个叫做metagenomics的环境，并在其中安装了metaphlan2，kraken2，strainphlan。
activate.d/env_vars.sh
#!/bin/sh
## CANU
export OLD_PATH=$PATH
export PATH=$(echo $PATH | sed 's;/mnt/software/unstowable/anaconda/envs/metagenomics/bin:;/mnt/software/unstowable/anaconda/envs/metagenomics/bin:/mnt/software/unstowable/biobakery-metaphlan2-26610e07f840:/mnt/software/unstowable/biobakery-metaphlan2-26610e07f840/utils/:/mnt/software/unstowable/biobakery-metaphlan2-26610e07f840/strainphlan_src/:;')
export R_LIBS=/mnt/software/unstowable/anaconda/envs/metagenomics/lib/R/library
export BOWTIE2_INDEXES=/mnt/genomeDB/misc/softwareDB/metaphlan/huttenhower.sph.harvard.edu/metaphlan/bowtie2db/
## Kraken2
export OLD_LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/gcc-4.9.3/lib64:$LD_LIBRARY_PATHdeactivate.d/env_vars.sh
#!/bin/sh
export PATH=$OLD_PATH
export R_LIBS=
export BOWTIE2_INDEXES=
export LD_LIBRARY_PATH=$OLD_LD_LIBRARY_PATH在旧版的Anaconda中，source deactivate默认会把PATH变量中的第一个目录删掉，所以上面使用了sed来把新目录插到第二个的位置。现在的conda版本(使用conda deactivate)好像不存在这样的问题了。