基于Nextflow的宏基因组有参分析-I 安装Nextflow

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开一个坑

本系列介绍如何搭建基于Nextflow的宏基因组有参分析流程。在此之前我曾经使用bpipe和snakemake写过这个流程。在我们实验室中所有的有参分析都是这个pipeline跑出来的。个人感觉bpipe用起来其实很顺手自然，但是由于社区实在是不够活跃。snakemake基于python而且有很多开发者支持，所以为了学习snakemake，我将之前的流程重新写成了snakemake。但是后来渐渐发现make的这种从后向前结构很别扭，基于文件名构建DAG也是缺乏灵活性。

Nextflow作为后起之秀迅速成长，拥有很好的社区支持（google group，gitter），原生对云环境（AWS，google cloud）支持，拥有大量优秀成熟流程nf-core。最近的一次更新推出了模块化的DSL 2架构，构建可重复利用的流程未来可期。为了更好地学习Nextflow，我将把之前的shotgunMetagenomics流程重写，并把过程记录下来，也希望可以帮助到更多人。

流程介绍

这个流程可以参见snakemake生成的DAG:

步骤为：

  1. 合并相同样本
  2. 去接头
  3. 去宿主DNA
  4. 使用Profiling工具（kraken2，MetaPhlAn2）
  5. 按系统分类拆分
  6. 合并

## 安装Nextflow

依赖：java >= 1.8

稳定版本安装：

curl -s https://get.nextflow.io | bash

Github开发版本安装，支持DSL2语法：

git clone https://github.com/nextflow-io/nextflow.git

cd nextflow

make compile

make pack

最后的Nextflow在build/releases/nextflow-19.09.0-edge-all，可以重新命名为nextflow并放在$PATH中。

export PATH=$PATH:/PATH/TO/REPO/build/releases/

(未完)

Nextflow
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