Nextflow长命令segmentation fault的解决

最近在Mac上运行nextflow的一个流程，流程下载上千个文件，然后其中一步涉及将这上千个文件拷贝到一个文件夹下，运行的命令大概如下

cp d0001.rds d0002.rds d0003.rds ... d1000.rds data_rds/

在nextflow的流程中这样实现

process gatherRDS {
    input:
      file rds
    output:
      path "data"
    script:
      """
      mkdir data
      cp $rds data/
      """
}

但是运行时不断遇到segmentation fault的情况（MacOS Big Sur 11.5）。在github找到了答案。加入ulimit -Ss unlimited，可以解除对程序的内存限制，解决问题。

process gatherRDS {
    beforeScript 'ulimit -Ss unlimited' // avoid long input segfault

    input:
      file rds
    output:
      path "data"
    script:
      """
      mkdir data
      cp $rds data/
      """
}