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极简的Nextflow程序

本系列介绍如何搭建基于Nextflow的宏基因组有参分析流程

Conda环境给我们安装软件带来了很多便利，我时常遇到需要在启用特定环境时加载环境变量的需求，本文介绍如何自动化这一过程

本地的R脚本，远程执行

一些从来都需要google的东西

今天看到金唯智公众号的推文《三文读懂PCA和PCoA》（《一》,《二》,《三》)。作者以平民化的语言，剔除数学术语，介绍了二者的区别，是很好的尝试，但是文中提出的很多关键性总结，都存在着明显的漏洞。

Let’s try this for fun!

测试了一下Y叔的新包base2grob。这个包提供了base2grob函数，可以把base plot转换成grob对象。对于我来说最大的方便就是可以把一些igraph画出的网络图通过cowplot和其他ggplot做出的图自由组合。

微生物种名属名经常需要*斜体*表示，现在microbiomeViz添加了一个生成expression的函数，可以直接将一个短语中的一个（个人认为很少会遇到画图时axis label涉及多个物种）指定名字变成斜体。

平日经常会分析shotgun宏基因组的数据，我们的pipeline使用MetaPhlAn，Kraken等profiler。一直觉得GraPhlAn的图很好看，在Y叔的指导下准备基于ggtree来用R实现它。